制藥凍干機在藥品凍干的應用領域主要包括兩部分：中藥凍干、西藥凍干。
　　·西藥凍干：西藥凍干在國內已得到一定的發展，如培養劑、荷爾素、維生素、抗菌素等。但目前凍干藥品的品種不多，產品價格高。
　　·中藥凍干：目前我國中藥材凍干常見的有：人參、鹿茸、山藥、冬蟲夏草等少量中藥材的凍干，還有很大的中成藥還沒有采用凍干技術，為此我國中藥凍干及產品研究有著巨大的發展空間。
　　·生物制藥領域：包括血清、血漿、疫苗、酶、抗生素、激素等藥品的生產;生物化學的檢查藥品、免疫學及細菌學的檢查藥品;血液、細菌、動脈、骨骼、皮膚、角膜、神經組織及各種器官長期保存。
　　·粉針制劑凍干：近些年來，制藥凍干機凍干粉針技術憑借水針劑*的優勢成為市場的寵兒。凍干粉針特別適用于附加值高的生物藥品，和普通水針劑相比，凍干粉針的主要優點有的灌裝體積；產品穩定性好；凍干產品溶解速度快；生產過程無菌。可進行凍干的常用注射用藥包括激素和維生素、抑制細胞生長素、抗生素和抗毒素、藥物及其活性成份、荷爾蒙和血液制品以及疫苗和抗毒疫苗。凍干粉針劑是未來注射劑的發展趨勢，隨著制藥現代化的推進和對藥品質量的更高要求，傳統水針劑必將被凍干粉針劑所取代。
　　·菌種凍干保存：對一般生活力強的微生物及其孢子以及無芽胞菌都適用，即使對一些很難保存的致病菌，如腦膜炎球菌與淋病球菌等亦能保存。